1937年12月25日，新四军军长叶挺、副军长项英在武汉召开新四军干部会议，新四军军部成立。1938年1月6日，新四军军部移驻江西南昌，同年4月5日，新四军军部离开南昌，迁往安徽岩寺，在大江南北前线指挥对日军作战。新四军军部在南昌时间仅3个月，但作了大量的卓有成效的工作，为新四军的组建成功和战略展开，作出了极大贡献。
毛泽东指示新四军军部第一步设在南昌
红军游击队改编为新四军，是经过国共两党艰难的谈判而形成的。由于国民党坚持“北和南剿”的方针，谈判很不顺利。直到1937年七七事变爆发，蒋介石仍不表态。
1937年8月13日，日军进攻上海，威胁国民党统治中心。17日，国民党才同意共产党派人联系南方红军游击队。周恩来在沪会见叶挺，建议他通过老朋友关系向蒋介石表示愿意带将要改编的红军游击队。9月22日，国民党中央通讯社发表了《中共中央为国共合作宣言》，次日，蒋介石发表了承认共产党合法地位的谈话。9月28日，叶挺经蒋介石核定，被任命为新四军军长。10月30日，项英由中共中央内定为新四军副军长。11月3日，叶挺抵达延安；7日，项英到达延安。8日，毛泽东在欢迎叶挺、项英大会上正式宣布欢迎叶挺担任新四军的军长。同日，毛泽东电告周恩来等：新四军军部第一步设南昌。
1938年1月6日，项英率新四军军部抵达南昌，军部设在三眼井高升巷“张勋公馆”。 9日，“国民革命军陆军新编第四军”在南昌正式挂牌对外办公。叶挺赴香港等地筹款、购枪。
新四军军部机构在南昌建立和健全
新四军军部在南昌期间，基本上完成了新四军的组建任务，建立健全了军部领导机关和职能部门机构。军部到达南昌的第三天，新四军四个支队的编制及其领导人员的名单获得批准。1938年1月8日，国民政府军事委员会总参谋长何应钦正式核定：“（一）新四军编为第一、第二、第三、第四共四个支队，每月发给经费1万5千元及军部经费等为每月共1万6千元；（二）所请以陈毅、张鼎丞、张云逸、高敬亭分任第一、二、三、四游击支队司令一节，准与照委。”接着陆续核准了项英任副军长，张云逸、周子昆任正、副参谋长。随后，中共中央任命袁国平任政治部主任、邓子恢任政治部副主任。
军部机关内部各处、各部门机构，随之迅速建立起来。军部设有司令部，下设参谋处、副官处、秘书处、 军法处、军需处兼军械处、军医处、兵站处，并有无线电台通信总队。军政治部下设组织部、宣传教育部、民众运动工作部、敌军工作部、后方留守处和政治处。军部机关干部大致来自三方面：一是从延安派来或八路军调来；二是从南方的红军游击队中选来；三是自沦陷区、国统区和海外的爱国进步人士、地下党员中挑选。
由于延安派到新四军来的干部不足，军部通过创办教导队来培训干部。当时，许多南昌和外地流亡到南昌的青年参加了新四军。他们需要完成从老百姓到革命军人的转变。从各游击区来到南昌的红军游击队干部，也需要进行系统的政治教育和军事训练。1938年2月15日，新四军教导队第一期就正式开学了，下设军事队和政治队。不久，军部教导队扩大为教导营，队员增加到300余人。这就为以后发展为教导总队奠定了基础。
为了宣传党和新四军的抗日救国宗旨，发动全民开展抗日救亡运动。1938年1 月，新四军战地服务团在南昌成立。服务团下设戏剧、歌咏、绘画、舞蹈、民运、通讯6个组和男生、女生、儿童3个队，共有100余人，他们在各地开展了广泛的宣传活动和民运工作，产生了很大的影响。《江西民国日报》曾以《新四军战地服务团正式成立》为题，作了报道：“新四军战地服务团团长朱克靖，已于昨日就职，该团将以简单之组织方式，进行赣、浙、苏、闽、粤、豫、鄂、皖等战区之抗日救亡工作，团员多为各地前进青年，及留日学生云云。”
这时，军部在南昌成立了新四军驻赣办事处；在江西及福建、湖南等地，成立了新四军办事处、通讯处、留守处等，以开展党的工作和各种联络。新四军驻赣办事处实际上就是中共中央东南分局的办事机构。
新四军领导分头动员游击队下山改编
1938年1 月10日，项英在南昌召开东南分局成立会议，正式宣布中共中央东南分局成立。分局书记项英在会上传达了党中央对东南地区党的工作和红军游击队集中编组的指示，确定当前紧迫任务，主要是传达党中央的新政策，广泛开展抗日民族统一战线，迅速集中部队，开赴抗日前线，领导同志分赴各游击区进行传达和动员。
新四军军部的主要领导，带领军部机关人员分赴各游击区，传达中央指示，宣传党的抗日民族统一战线政策，讲解日本侵略中国、民族矛盾上升为主要矛盾的形势，给游击队员做思想工作，解除他们的思想顾虑，动员他们下山打日本。这一艰苦过程，在许多文章中都有详细叙述，本文不多展开。
1938年1月16日，新四军军部决定将各游击队改编为四个支队八个团队。第1支队由湘鄂赣游击队、湘赣游击队、赣粤边游击队、桂东游击队和皖浙赣游击队组成，司令员陈毅、副司令员傅秋涛。第2支队由闽西南游击队、闽赣游击队、浙南游击队组成，司令员张鼎丞、副司令员粟裕。第3支队由闽北游击队和闽东游击队组成，司令员张云逸（兼），副司令员谭震林。第4支队由红28军和鄂豫边桐柏山红军游击队组成，司令员高敬亭。新四军军直特务营由湘南游击队和闽中游击队所编成。全军10329人。
新四军军部在南昌期间，确定了各游击队下山集中改编的时间、地点和开赴前线的路线，安排留在地方工作的干部及地方党组织的工作，完成了红军游击队下山集中改编的任务，帮助各红军游击队实现了从土地革命到抗日战争的战略转变。
开展有声有色的抗日救亡活动
新四军军部在南昌开展了波澜壮阔的抗日救亡运动。1937年冬，继北平、天津之后，上海、南京、镇江、无锡等地相继沦陷。一批又一批的知识青年，到了江西南昌。新四军把他们组织起来，成立了1200人的江西青年服务团等多个抗日救国团体，分散到全省各地进行抗日宣传、慰劳和民众集训活动。青年服务团队联合江西省音乐教育委员会等团体，成立了南昌抗战歌咏协会，运用抗战歌咏武器，动员群众，组织群众。1938年2月26日，南昌抗战歌咏协会在湖滨公园（今八一公园）举行了成立大会。著名音乐家何士德指挥3000人大合唱《义勇军进行曲》，极大地振奋了人们的抗战精神，“把我们的血肉，筑成我们新的长城……”5000名听众也随着唱了起来，歌声汹涌澎湃，响彻云霄。会后，举行了有8000人参加的歌咏大游行。何士德站在卡车的篷顶上挥动着一根特长的指挥棒，歌声与口号声交织着、翻腾着，怒吼的歌声震荡着南昌城。从四面八方拥来的人群，也纷纷加入到游行队伍中。这种雄壮的场面和群情激昂的气势，显示了人民群众抗战的巨大力量。
新四军战地服务团也以各种各样方式进行抗日宣传活动。绘画组在南昌大街上绘制了巨幅抗日宣传画。著名画家沈光所画的大幅布画《屠场》，揭露日寇的兽行，色彩强烈，给人留下深刻印象。戏剧组到茶馆里唱歌、演讲，化妆演小型街头剧，如《放下你的鞭子》《抓汉奸》等等，演得逼真生动，群众深受教育。他们在南昌街头演出，没有固定角色，缺什么就装扮什么，白头巾一扎，大襟褂一穿，就是乡村老太太；换上旗袍，围上纱巾，就是女大学生；钢盔一戴，日本军服一穿，端起刺刀，就是气势汹汹的日本兵……当他们高唱《慰劳伤兵歌》时，伤兵们都感动得流下了热泪。有的振臂高呼：拥护团结抗日！我们要早日返回前线！坚决打倒日本帝国主义！吴晓邦自编自演舞蹈《义勇军进行曲》，台下观众齐声伴唱，气氛热烈。
军部在南昌发出新四军上前线的号令
1938年2月6日，第三战区司令长官顾祝同转发蒋介石命令：新四军江南部队于2月20日前集中皖南岩寺。军部随即作了相应布置。2月14日，叶挺军长到安徽前线考察，并到皖南屯溪第三战区司令部接洽有关事宜。3月上旬，陈毅到皖南岩寺，为部队集结作准备工作。新四军军部在南昌发出号令，命1、2、3支队向皖南岩寺集中，第4支队向皖西霍山集中，开赴抗日前线，直接对日本侵略军作战。4月6日，军部迁至皖南岩寺。叶挺军长高兴地对记者们说：我们最大的成功之处是把各个游击队和统一的军队融为一体了，就是把南方各处的游击队集中起来了，开往抗日前线对日作战。中共中央东南分局在给党中央的报告中说：“各个游击区的部队能顺利地出动，主要是这些游击区的领导同志及全党对党中央有极大的信仰，他们对党的命令忠实的执行。”
这里需要特别说到的是，集体参加新四军的上海煤业救护队。他们以红十字会为掩护，带着几十辆汽车，经过江、浙等地，千里迢迢来到南昌，找到新四军驻赣办事处主任黄道，要求集体加入新四军。这些汽车在运输红军游击队下山、集中以及开往安徽岩寺过程中起了很大作用。在军部转移到皖南过程中，他们往返运输数十次，带着红十字会的通行证，各个关卡一路放行，使新四军领导同志和机关人员安全抵达皖南。