抗日战争时期，随着新四军在苏中地区力量的逐步壮大及抗日民主政权的建立和巩固，南通抗日根据地的财政逐步建立和发展。根据地的党政军领导机关及时加强财政管理，取得了显著的成效，不仅战争期间南通根据地军队和抗日民主政权的供给得到保障，经济活动和民生工作有效开展，还为苏中军区提供了部分供给，财政管理功不可没。
调整组织机构，培训财经人才
抗日战争时期，南通地区的财经机构适应战争环境的变化，适时分设与合并。1940年11月，新四军东进掘港后，当即建立了江苏省第四区行政督察专员公署财务处和税务总处。1941年3月，苏中战略区建立，苏中第四行政区专员公署成立，随即建立江苏省第四区经济委员会，内设办事机构财经处，对外对内两块牌子、一套班子，季方兼任主任委员。这一期间，各级税务、粮赋、财政、金库等机构，分开设置，其中粮赋和财政是各级政府的组成部门。1942年12月反“清乡”斗争前夕，根据地财经机构合并。各级税务、粮赋、财政、金库等合并，建立苏中第四行政区专员公署财经处，各县成立财经局，各区成立财经分局，各乡设财经助理员。
南通抗日根据地各级党军政十分重视财经队伍的建设，在财经机构建立之初往往从部队抽调干部。如1940年11月，江苏省第四区税务总处建立后，就是从部队抽调干部开展税务征收的。与此同时，从社会上招收可用人才进行培训，成了充实财经队伍的主要途径。抗日战争期间，较大规模的财经队伍人才培训有3次。一是1941年3月，江苏省第四区经济委员会建立后，四专署在掘港镇开办抗日军政干部学校。第一期招收社会进步青年和爱国人士300多人，分军事、政治、财经3个系，其中，财经系学员70多人，6月中旬结业后，由税务总处分配工作。同时，从政治系抽调20多名学员到税务部门工作。二是1942年3月，四专署粮赋管理局在海门县海洪乡举办粮赋干部训练班，共培训学员100余人，后因敌人“清剿”“扫荡”，训练班转移到南通县二爻一带，7月份结业，学员大部分分配到各县从事粮赋工作。三是1944年7月，四专署财经处招收根据地青年积极分子，同时，抽调财税干部共七八十人，在苴镇举办财训班。开学不久，财训班转移到何家灶，接着又转移到东台六子苴紫石纪念堂。财训班以整风精神为指导，树立革命观念，学习财税和会计业务，先后在10月和年底结业。这两部分学员均分配到各县充实加强区、乡相关机构。
建立健全管理制度
南通抗日根据地在建立健全财经机构的同时，不断建立健全各项财经制度，使各财经部门的工作逐步走上统一轨道。主要的管理制度有以下几项。
预决算制度。严格执行不造预算不发钞不送决算的纪律。各机关、部队在每月开始的半个月编造预算送到上级机关核准钱钞；在每月终了后半个月内造决算送上级审核。一切经费支出都要编造预算，报经审检处（室）审核批准后，交分区财经处签发支付命令。决算也要报送审检处（室）审核。
会计制度。一切收支都要有系统的登记，必须是来去分明毫厘不差，反对含混一团的马虎现象。征收机关除了有一定的账簿外，还应实行经常的一定的报表制度。必须做到能适时反映财政状况且随时可以查对与公开。具体有：收入会计制度、经费支出会计制度、粮赋会计制度等。
审计制度。分区、县组织各地的审计委员会，严格审核军政党各方面预决算。各审委会对不合实际的预算均有批驳之权，但被驳之部分仍可申诉再审。未经审委会批准的预算，任何金库或党政机关不得付款。审委会可随时派员至各军政党机关查账及查点现金。审委会如发现贪污浪费事实得通知其上级机关按照情节之轻重分别予以处分。
金库制度。一切收入归金库，一切支出通过金库。金库由银行代理，情况紧张时由财经机关照管。金库收支独立，所有财政收入和战争缴获都要上缴金库。各机关各部队非经批准或委托，除其本身经费外，不得保留现金。坚决反对收入或缴获不报告埋伏现金的不良倾向。金库负保管现金的责任，没有支付命令，其自身无权付出款项。
精简节约，生产自给，克服财政严重困难
抗日战争中的反“清乡”斗争，是南通抗日根据地在抗日战争中最艰苦的时期，也是根据地财政严重困难的时期。为了克服财政严重困难，南通抗日根据地在大力组织财政收入、实行财政高度集中、加强财务管理的同时，贯彻精简节约，组织生产自给，减轻人民负担。
1942年12月，苏中四分区根据中共苏中四地委的统一部署，对县区行政区划进行调整，对四分区党政军机构和人员实行精简、调整。通海、通西行署改为办事处，划归南通县政府领导；东南行署将18个小区合并为7个大区。四地委机关工作人员由128人精简为44人，四专署工作人员由221人精简为109人。南通、海启两县的县、区委由282人精简为149人，南通、海启、如皋（今如东，下同）三县的县、区、乡行政人员由3152人精简为1801人。东南警卫团、南通警卫团由2448人精简为1599人。为了保障部队供给，四分区坚持自己动手，克服困难。分区和如皋县团在苴镇地区创办的被服厂、毛巾厂、肥皂厂、枪弹厂、修枪所等，解决了四分区部队和县、区武装的大部分物资供应。
严肃财经纪律，反对贪污浪费
在各级抗日民主政权中,有些干部为了个人私利损害群众利益,贪污浪费腐化堕落的情况时有发生。据有关史料记载，在1944年上半年，“贪污浪费现象普遍严重的存在着，在乡级干部中可以随便动支公粮余利贪污，一个副乡长贪污达十万元，在区级干部中超越职权任意挪借，吕四区未经上级批准私自挪借近贰百万元之巨，造成财政制度之严重混乱现象”。
为了肃清贪污浪费，苏中四地委在1944年5月16日作出《关于克服贪污浪费现象，巩固组织解救财政危机指示》，并决定当年6～8月在各县区在职干部中开展夏季整风，展开思想上反贪污反浪费的斗争与教育。根据地的党和政府在整风中对党员、干部加强思想理论和组织纪律观念的教育，增强抵制各种腐败因素影响的能力。在此基础上，进一步健全财经制度，制定法律法令约束党政机关干部及公务人员，并对腐败分子严厉惩处，有效地防止了腐败现象的产生。根据地不定期地对财经工作进行整顿检查，以此督促财经工作的有序进行和杜绝贪污浪费现象。为惩治和防范贪污浪费，苏中区在1944年颁布了《苏中区修正惩治贪污暂行条例》，明确规定：公务员贪污有下列各款之一者，处死刑或徒刑。这些款项是：盗卖公家财物者、受占或窃取公有财物者、拐带公有财物潜逃者、收受贿赂者、建筑军用工事或购置办公用品从中舞弊者、擅自提取或截留公款及以军用舟车马匹装运违禁和漏税物品者等。条例明确，贪污价值抗币1000元以上物品或抗币1000元以上钱款者判死刑。《条例》规定，各机关主管人员对所属职员如因监督不周致使有贪污行为者，除贪污人员应依法惩治外，其主管人应受失察处分。如有意纵容，并得按其情节轻重分别惩处，其在本机关之人员有知情不报者，亦得酌情受连带处分。
依靠地方武装征税护税
在南通抗日根据地创立初期，日伪顽和奸商千方百计破坏根据地税收工作，我方税务机关经常遭到敌人的袭击和武装土匪的骚扰。为了开辟和保护税收工作，苏四区税务总处在1940年11月建立之际，就同时建立了税警团，苏四区抗日游击指挥部主要负责人兼任团长，苏四区税务总处一负责人兼任副团长。1941年6月苏四区税务总处撤销，建立苏中四分区税务管理局，同时建立直属该局的征护税武装。各县级税务局和所属分局及其管辖地区分派所都依靠地方武装和民兵开展税收工作。
在人民武装力量的保护和配合下，我方财经干部经常活动在水陆交通要道并穿插到近敌边缘地区，开展查征，反对偷税，有时还通过据点里的内线关系，冒着生命危险深入到敌人据点里去征税。上述这种武装征税护税，一直延续到解放战争时期。