1941年7月以后，新四军和华中抗日根据地人民在进行反“扫荡”、反摩擦作战的同时，还经历了极其严酷和复杂的反“清乡”斗争。
所谓“清乡运动”，是日本侵略军在中国占领区进一步推行“以华制华”、“以战养战”政策的产物。1941年，中日战争已经进入第四个年头。日本侵略军虽然占领了大半个中国，但始终只是占据了点(城市)和线(交通干道)，广大农村仍为中国抗日军民所控制。日军一再发动的“扫荡”屡遭失败，想要扩大“扫荡”规模，又因兵力有限，力不从心。这就迫使日军必须变换花样，求得确保占领区的治安，掠夺更多的战略物资，以支持其在中国的长期作战和南进太平洋地区从事更大的军事冒险。
日本侵略军以“清乡”对付敌后的一切抗日力量，包括国民党军，但矛头主要是指向中国共产党领导的新四军和抗日政权。头号汉奸汪精卫1941年9月6日在苏州对“清乡”工作人员“训话”时说：“这次清乡工作，最显然的，是以肃清匪共为对象”，“匪共不灭，一切无从说起。日本侵略军为了集中使用兵力，将“清乡运动”分区分期实施，先后在苏南、太湖东南、上海周围、浙东、苏中、淮北、浙西、皖南以及鄂豫边进行了20多期。其中，出动兵力最多，使用手段最全，因而斗争最为残酷激烈的，是对苏南和苏中的“清乡”。对苏南的“清乡”共分四期，从1941年7月1日开始，到1943年10月结束，由东向西扩展，首先是苏常太地区，接着是澄锡虞地区，最后是丹北、茅山、太涡地区。对苏中的“清乡”从1943年4月10日开始，持续到1944年2月，主要是在当时的四分区(大体上即现在南通市所辖各县市)。这几期“清乡”，都沿公路、河道扎起几百里的竹篱笆，重点地区还架设电网和铁丝网，实行大范围的严密封锁。以伪军负责守备和巡逻，由日军担任搜索和进攻。以梳篦式的搜索，日夜寻找新四军作战。以伏击和包围的手段，搜捕化整为零的新四军人员和地方工作人员。同时编组保甲，清查户口，组织“自卫团”，进行反共宣传和奴化教育，竭力分割人民群众和新四军的联系。为此，日伪出动了大量兵力。参加苏常太地区“清乡”的，有日军10个大队3500人，伪军和伪中央税警团13594人，另有所谓“清乡政治工作团”、“民众训练人员”、“特种教育师资"各数百人。对苏中四分区的“清乡”，总兵力也达到1.6万人。
面对新的挑战，新四军和华中抗日根据地人民开展了英勇顽强、不屈不挠的反“清乡”斗争。在斗争中及时总结经验教训，创造了以分区转移对付分区“清乡”、内线斗争和外线作战相结合、公开的武装斗争和隐蔽斗争相结合、对保甲长实行“一二”政策等宝贵经验，涌现了百余公里封锁线上火烧竹篱笆、家家户户一起动手烧门牌等英雄壮举。
历时四年的反“清乡”斗争，是一场与反“扫荡”、反摩擦有着不同特点的更加复杂的斗争，也是新四军和华中抗日根据地人民所经历的一场特有的斗争。
在华北，日本侵略军推行的“治安强化”运动，采用了一些类似“清乡”的做法，但始终没有实施“清乡”。比较起来，“清乡”是更加“全面"因而更加毒辣的手段。
日军派驻伪军事委员会的顾问晴气庆胤，1941年5月1日向伪清乡委员会提出：“今后清乡工作，军政相辅而行，可谓三分军事七分政治，以政治为中心，而以军事推动之，且特工又从旁协助。”依据这个方针，日伪将“清乡”分为“军事清乡”、“政治清乡”、“经济清乡”、“思想清乡”等步骤，企图通过军事“清剿”、政治欺骗、经济掠夺、思想奴化等所谓“综合战力”，“彻底改变占领区的治安状况”。在华南，日本侵略军宣称从1944年6月起进行“清乡”，主要是在广东省的东莞、宝安两县“搜剩”共产党领导的华南抗日游击队。但时间很短，并未按“清乡”的步骤一一实施。
日本侵略军的“清乡运动”着重在华中进行，是出于三个原因。
第一，是由于华中具有特殊的战略地位。华中连结华北和华南，而且拥有南京、上海、杭州、徐州、武汉等重要城市和战略要点。侵华日军的总司令部和汪伪政权的首脑机关都在南京。新四军在华中敌后到处建立抗日根据地，甚至挺进到南京、上海近郊，对日伪形成了直接威胁。日军急需通过“清乡”，将华中变成它继续进行侵华战争的稳固后方基地，变成它实施南进计划进行太平洋战争的重要后方基地。日军首先在苏南“清乡”，正是因为苏南地处南京和上海之间，钳制沪宁铁路地位格外重要。
第二，日军推行“清乡运动”的一个主要目的，是强化汪伪政权，实行“以华制华”政策，以便自己抽出身来，有更多的兵力投入太平洋战争。
1940年3月登台的汪精卫傀儡政府，名义上统一了华北、华中、华南的伪政权，实际上矛盾重重，互不买账。日伪的头目们心里都明白，注伪政权统治权力有可能达到的地方，也就只是华中而已。汪精卫还有自己的如意算盘。他想通过“清乡”，先在力所能及的华中建立和扩大自己可以指挥的武装，以便逐步向华北和华南扩张势力。
日军扶植伪军，只是为了供它驱使，绝不会放松对伪军的监督和控制。在日伪双方签订的所有关于“清乡”的协定中，都严格规定了伪军、伪警察必须受日军指挥。
第三，日本推行“清乡运动”的又一个目的，是掠夺中国的战略物资和人力资源，实行“以战养战”政策。而华中正是中国人口密集、物产富庶的地区，当时粮、棉、盐的产量都冠于全国。“清乡”首先从苏南开始.也是因为这里盛产粮食。日军在有些地区的“清乡”，目的就是掠夺物资。例如1942年4月至9月在“苏淮特区”22个县的两期“清乡”，是为了掠夺那里的小麦。1943 年在浙东三北地区的“清乡”，是为了掠夺那里的盐和棉花。1941年7月10日，即“清乡”刚刚开始的时候，伪清乡委员会就发布了一个《清乡地区物资统制及运销管理暂行办法》，规定矿石、粮食(米、麦、豆)、棉麻(包括废棉)、茶叶、桐油等14种物资载运出境，都必须“由登集团司令官指定之许可机关发给许可证”。所谓“登集团”，即侵华日军第十三军，所辖师团和独立旅团分布于上海市和苏浙皖三省。
日本侵略军推行“清乡运动”，称得上费尽心机，竭尽全力，但却在新四军和华中抗日根据地人民的反“清乡”斗争面前屡屡碰壁，步履维艰。
到了1944年，日伪大势已去，兵力财力日趋窘迫，“清乡运动”不得不草草收场，以彻底失败告终。