新四军在组建之初，毛泽东就高度关注，亲自筹划，倾注了大量的心血。之后，毛泽东又以相当大的精力用于研究、指导新四军的建设和发展，并多次发电报指示新四军的行动原则。特别是在皖南事变前和抗战胜利后，先后两次指示新四军北撤，更是昭显了一代伟人的战略眼光和高超的指挥艺术。
粉碎国民党顽固派的阴谋 指示新四军北撤
全面抗战爆发后，国共开启了第二次合作，但以蒋介石为首的国民党顽固派，不愿看到共产党领导的新四军发展壮大，甚至置抗战大局与民族大义于不顾，将新四军视为眼中钉、肉中刺，必欲除之而后快。对此，党中央、毛泽东早有洞察。1938年5月4日，正值新四军向敌后挺进之际，毛泽东致电项英指出：“在茅山根据地大体建立起来之后，还应准备分兵一部进入苏州、镇江、吴淞三角地区去，再分一部渡江进入江北地区。在一定条件下，平原也是能发展游击战争的。”此电史称“第一个五四指示”，指出新四军下一步的方向是向北发展。
但习惯于依托山区开展游击战的新四军领导人项英，对向北发展的战略方针有不同看法，认为长江以北江淮地区以平原滩涂为主，河道纵横、水网密布，不利隐蔽、无险可据，因而在行动中表现出犹豫不决，没有立即执行中央的决定和部署。
到了1940年，国民党顽固派的图谋愈加明显，图穷匕见的风险越来越大。在这期间，毛泽东一边考虑如何粉碎国民党顽固派在华中制造反共磨擦的阴谋，一边不断提醒项英注意国民党军队的调动情况。5月4日，毛泽东为中共中央起草的给中共中央东南局及中共中央军委新四军分会的指示（史称“第二个五四指示”）指出：在国民党反共顽固派坚决地执行其防共、限共、反共政策时，“应强调斗争，不应强调统一，否则就会是绝大的错误”。当国民党调兵遣将准备一口吃掉新四军之际，毛泽东致电项英询问，新四军军部及皖南部队在遭国民党军袭击时是否有冲出包围圈、避免重大损失的办法，其办法是以向南打游击为有利，还是以向东会合陈毅部为有利，渡江向北是否已绝对不可能，等等。在顾祝同、上官云相等紧锣密鼓地调集部队，对新四军形成包围期间，毛泽东不得不用相当大的精力反复与项英电报沟通、交换意见，说服和催促他执行北移方针。
10月12日，毛泽东致电项英等人，明确指示军部迅速过江，以皖东为根据地，“绝对不要再延迟”。11月18日，项英致电中央，认为顾祝同的态度是以局部解决的方式逼新四军北移，国民党的企图是北守南逼中打，请示中央对此的具体方针和指示，是速移还是有拖一下的必要。21日中央回电仍然强调须认真准备北移。22日项英回电声称“新四军皖南部队短期内无法开动，如途中发生战斗，十分不利，反不如暂留皖南，胜利把握较多”。毛泽东获悉项英改变原定计划后十分着急，24日电令催促“必须准备于12月底全部开动完毕”。在毛泽东的急电催促下，皖南新四军才开始分批移动。
但是由于国民党故意泄露皖南新四军北移的消息，日、伪军队沿江增兵封锁，苏南军情紧张，项英又动摇了北移的部署。12月8日，国民党当局发出“齐电”下最后通牒，同时加紧军事部署，在皖南布置了袋形围歼新四军的“防堵计划”，并签发了“解决”皖南新四军的作战方案。此时，皖南形势万分紧急，军事冲突一触即发。但项英在12月13日却电告中央“目前难求迅速北渡，应再延迟一时”。第二天中央即回电强调：“皖南新四军仍须于本月内尽可能移毕。”甚至直到1940年12月下旬，当时国民党顽固派已完成对新四军皖南部队的包围，项英等人还多次向中央要“行动方针”。
对此，毛泽东十分震怒并于12月26日发了一封措辞严厉的电报：“全国没有任何一个地方像你们这样迟疑犹豫无办法无决心的。在移动中如遇国民党向你们攻击，你们要有自卫的准备和决心，这个方针也是早已指示你们了，我们不明了你们要我们指示何方针，究竟你们自己有没有方针，现在又提出拖还是走的问题，究竟你们主张的是什么，主张拖还是主张走，似此毫无定见，毫无方向，将来你们要吃大亏的！”这个批评深深震动了新四军，军部才于28日仓促召开会议讨论北移事项，决定1941年1月4日晚开始行动，移往苏南。
但此时已经超过了中央原计划12月底之前必须全部过江的时限，错过了突出国民党包围的有利时机。1月6日，当新四军军部及所属部队9000余人行至皖南泾县茂林地区，突遭国民党第三战区顾祝同、上官云相指挥的7个师8万多人的拦击。8日，新四军陷入重围。新四军广大指战员在叶挺军长指挥下进行抗击，血战七昼夜，终因众寡悬殊、弹尽粮绝，除约2000人分散突围外，大部分壮烈牺牲。军长叶挺与顽军谈判时被扣押，政治部主任袁国平牺牲，副军长项英、副参谋长周子昆突围后不幸被叛徒杀害。
皖南事变，由于项英的优柔寡断和以各种理由的拖延，错失了北移的时机，致使新四军遭受重大损失，但从党中央、毛泽东多次电报指示看，毛泽东对国民党顽固派的阴谋早有洞察，对粉碎国民党顽固派的企图已有对策，对新四军今后的发展也有明确的方向，并给予了新四军具体的指示。如果项英等新四军领导人能够坚决果断地严格执行党中央、毛泽东的指示，悲剧就不会发生。
统筹新四军主力北撤 夺取全国解放战争胜利
抗战胜利后，中国国内的阶级矛盾逐渐上升为社会的主要矛盾，代表大地主大资产阶级利益的国民党当局在美国的支持下，欲争夺抗战胜利果实，建立全国性的独裁统治，国共双方的矛盾逐渐加剧，冲突在所难免。在这一形势下，毛泽东对新四军的发展和今后行动方向作出了明确指示。1945年9月15日，正在重庆与国民政府当局谈判的毛泽东电示江南新四军的行动方针是：“立即开始注意控制北上通路，保障北上安全，并准备将来适当时机渡江北上，请通知华中拟具体意见。”9月17日，华中局遵照毛泽东指示，提出了江南新四军主力北撤的具体建议。19日，刘少奇、朱德等向毛泽东、周恩来发电提议：“为了使国民党不能很快安定南京、上海，我苏南力量的撤退可以逐步实行。目前只撤主力。”毛泽东、周恩来即于当日下午复电：“浙东、苏南、皖南、皖中部队北撤”要“越快越好”。刘少奇等接电后，立即着手起草了 《向北发展向南防御的战略部署》 ，并于当夜以中央名义火速发往各地。
由此可见，抗战刚一结束，毛泽东就敏锐地洞察国际国内风云，审时度势，着眼应对和谈破裂和夺取全国解放战争胜利的总目标，从战略全局考量和统筹新四军主力的北撤，显示出一代伟人的广阔视野和战略眼光。
一是作为谈判让步条件，最大限度争取和平。江南新四军北撤，是在华中局和身在延安的其他中央领导同志都有顾虑的情况下，由在重庆的毛泽东、周恩来决定的。1945年经过14载浴血奋战，中国人民取得了抗日战争的最终胜利。战后，饱受战争之苦的中国亟待休养。为了国家未来的发展前途，也为了全国人民期盼和平的愿景得以实现，毛泽东率领的中共代表团在同国民党当局的谈判中，就解放区政权和军队问题作出多次让步。毛泽东还主动提出，中共让出包括浙江、苏南、皖南在内的八个解放区，将上述地区的人民军队分别撤至长江以北或陇海铁路以北地区。因此，当刘少奇等同志于9月19日建议将江南新四军撤退作为让步条件用于重庆谈判时，毛泽东、周恩来早已于9月15日，就让我方谈判代表王若飞向国民党方面谈判代表提出了，并在给刘少奇、朱德的回电中特别说明：“此间已当作一个让步条件向对方提出，且有好影响。”1945年10月1日，新四军政治部向江南人民发布 《告别民众书》 ，指出江南部队北移是为了制止反动派的阴谋，为了避免内战的举措，是为了人民和平、幸福的生活：“我们现在要什么呢？我们要和平、民主、团结。我们不要什么呢？不要内战和独裁。”此文号召人民团结起来，排除因新四军北撤而产生的悲观、慌乱情绪，用和平的合法斗争来保卫各种已得的利益。它生动体现了以毛泽东等为代表的中国共产党人高超的军事斗争策略、政治宣传水平，以及江南新四军与根据地人民群众的深厚感情。
二是准确把握撤退时机，避免皖南事变悲剧重演。血的教训使毛泽东不得不慎重考虑江南新四军撤退的时机。撤退的具体时间，必须根据重庆和平谈判的进展，由毛泽东、周恩来决定。如果谈判还没成功就决定撤退，不但可能遭到像皖南事变那样的损失，而且根据地人民必然遭到残害；和平谈判成功，国民党必然承认中国共产党的合法地位，这时江南新四军部队北撤时，可以避免国民党军队的围追堵截和对根据地人民的公开残害。如果他们这样做，就违反了协定，在国内外人民面前输了理。由于毛泽东、周恩来谨慎地掌握了这个撤退时机，结果在短时间内，我江南新四军主力不但全部撤出，而且许多地方干部也一同撤出了。整个撤退是顺利的，根据地人民也没有遭到大的损害。
三是内线作战，得道多助。江南新四军北撤是一个重大的战略调整，不但赢得了政治上的主动，表明了共产党以国家、民族和人民的利益为重，求和平、讲团结的诚意，而且内线作战表明是蒋介石挑起内战，人民解放军不得不进行自卫反击，有利于获得社会理解与同情。同时，进行内线作战地理环境熟悉，群众基础牢固，能够得到解放区政府与群众的大力支持，兵员补充、物资补给、伤病员安置等等战时遇到的各种困难和问题可以及时得到解决，对取得作战胜利、鼓舞解放区军民的士气和胜利的信心都会起到重要作用。
四是收缩兵力，形成拳头。抗战胜利后，国共双方军事实力差距较大，蒋介石拥有无可比拟的装备和数量优势。国民党方面总兵力达到430万人，武器先进，装备精良，还有相当规模的海空军舰艇、飞机；共产党方面，总兵力127万人，装备方面只有步枪、手榴弹和少量的机枪、火炮。在经济上，更是相差悬殊。国民党统治着全国3/4地区和3亿以上的人口，几乎控制着所有大中型城市，还能在财政上得到美国的援助；共产党领导的解放区，面积仅占全国的1/4，人口约1.3亿，城市都是小城市，经济主要是手工业和农业为主，缺乏工业，军工数量稀少。蒋介石曾扬言要在3个月内解决共产党。当时，江南新四军所在区域是国民党政治经济中心，四周强敌环伺，一旦蒋介石发动内战，很容易陷入重兵围困。因此，从国共和谈破裂、蒋介石发动内战考虑，江南新四军主力北撤，更有利于集中优势兵力，各个歼灭敌人，及时组织战略进攻和战略决战。
五是统筹全国一盘棋，争取解放战争全面胜利。重庆谈判并非出自蒋介石本意，蒋介石的主要目的是利用谈判争取时间，调兵遣将，部署内战。在国共双方签订 《停战协定》 的同时，蒋介石即密令国民党军队“抢占战略要点”，接着不断调动军队向解放区进攻，直到1946年6月26日，彻底撕毁停战协定向解放区发动全面进攻。面对国民党蒋介石的战略企图，毛泽东着眼全国一盘棋，早在党的七大上就提出了战后全力争取东北的战略任务。他特别强调说，从我党、从中国革命最近的将来的前途看，东北是特别重要的。如果我们把现有的一切根据地都丢了，只要我们有了东北，那么中国革命就有了巩固的基础。1945年9月19日，毛泽东在电令江南新四军主力北撤的同时，指示中共中央向各中央局发出 《关于目前任务与战略部署的指示》 ，明确规定“向北发展，向南防御”是党的一项“全国战略方针”，并决定华中局北移山东，与山东分局合并组成华东局，新四军军部北移山东后兼山东军区。9月21日，华中局和新四军军部由淮南移驻淮阴城。不久，华中局和新四军军部率2师、4师主力一部和7师北移山东临沂。10月下旬，华中局与山东分局合并，组成中共中央华东局，统一领导山东、华中两大战略区的工作。同时，新四军第3师主力开赴东北，加强具有战略地位的东北地区的军事力量。
后来的历史发展，证明了党中央、毛泽东的战略远见。我们的军队虽然北撤，但胜利最终属于人民。1945年10月中旬，苏南、浙西、浙东的新四军主力部队，以及地方武装和党政干部，全部撤到江北与兄弟部队会师。12月3日，中央军委决定新四军与山东军区合并，陈毅任新四军军长兼山东军区司令员，粟裕任华中野战军司令员，部队也进行了改编。从此，曾经战斗在江南地区的新四军将士们继续在华东战场上南征北战，取得了苏中七战七捷、孟良崮战役、淮海战役等著名战役的胜利，为争取解放战争的全面胜利和全国的解放建立了不朽功勋。