通观《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》（以下简称《决定》），从头到尾一以贯之的便是各个领域里的体制机制改革：深化经济体制改革、深化政治体制改革、深化文化体制改革、深化社会体制改革、深化生态文明体制改革、深化党的建设制度改革等等，这是宏观方面；相对微观的就更多了：深化投资体制改革、深化行政审批制度改革、深化税收制度改革、深化行政执法体制改革，以及高考、户籍、院士制度的改革与创新等等。简言之，体制机制的改革与创新，是贯穿整个《决定》的一条红线。
体制机制是根本性问题，这已被35年来市场经济体制带来的繁荣和发展所证明。没有体制机制的改革，任何领域里徒具形式的表层改革，都是修修补补，无法达到预期目的，体制机制在廉政建设上的决定性作用，就很能说明这个问题。改革开放以来，反腐倡廉从来没有停顿过，但官员腐败的势头并没有得到有效遏制，一些领域甚至愈演愈烈，致使人们终于认识到体制性腐败的客观存在。如今正在着手建设的“把权力关进制度的笼子里，形成不敢腐的惩戒机制、不能腐的防范机制、不易腐的保障机制”，这将是有效遏制腐败的真正“杀手锏”。
现在大家都认识到中国的改革进入了深水区。深在哪里？就深在要破除各个领域里既有的阻碍发展和进步的体制机制，就深在要创新和完善新的体制机制。在体制机制上破旧立新，有时候无异于脱胎换骨，这是最难最难的事情，所以《决定》才把今后的改革称之为“啃硬骨头”，称之为“涉险滩”。
对原有体制机制的弊端要破到什么程度，取决于我们的思想和认识水平；新体制机制新到什么程度，也取决于我们的思想和认识水平。《决定》多次提到推进国家治理体系和治理能力的现代化、执政方式的现代化，这就需要新体制机制的匹配。好在“实践发展永无止境，解放思想永无止境，改革开放永无止境”已成为全党的共识，这就为深化体制机制改革奠定了思想基础。
敢不敢涉破除体制机制弊端的险滩，能不能啃下这块硬骨头，取决于执政党的智慧与勇气。但是，这个险滩必须过，这块硬骨头必须啃，这不但是光荣而神圣的历史使命，而且是没有其他退路的唯一选择。否则，别说民族复兴的中国梦的实现，就是既有的改革发展的成果都不一定能得到巩固。所以，《决定》才号召“必须以强烈的历史使命感，最大限度集中全党全社会智慧，最大限度调动一切积极因素，敢于啃硬骨头，敢于涉险滩”，以确保到2020年在重要领域和关键环节改革上取得决定性成果，完成《决定》提出的改革任务，“形成系统完备、科学规范、运行有效的制度体系，使各方面制度更加成熟更加定型”。