近年来，启东市农村畜禽粪便污染情况虽历经多次整治大有好转，但总体状况仍不容乐观。综合当地水务、农委、环保等部门的信息，该市目前以养殖规模100头以上生猪养殖场为主体的畜禽养殖场总计接近1800个，已基本完成粪污治理的1050个，至少还有740个需要治理。
农村不少小型猪场的粪便污染更是触目惊心。一位畜牧行家介绍，商品生猪平均饲养期约6个月，每头每天平均排泄大小便6公斤左右，一头商品生猪总排便量高达2000公斤。由此可见，当猪粪直排于水体，全市700多个尚未治理养猪场总计近20万头生猪，事实上已经排放了多少粪便、污染了多少条沟河、荒废了多少水面！
面对生态环境遭受的严重破坏，启东市委市政府顺应民心，连续多年加以规范治理，已取得了较为明显的成果。
通过近两年的治理，该市累计建设10立方米化粪池320只，20立方米化粪池904只，完成改造治理的养殖场(户)达到906个，财政补贴与养殖户自筹建设资金总计超过1000万元。
两年间，该市首批906家养殖户主动要求实施粪污治理，大都取得达标排放的预期效果。在近海镇，养猪户周兵采用“粪便两分离→收集存贮→尿液、冲洗水→沼气供暖→大容量贮液池→管道→相应面积农田”的粪污处理流程，有效实现了变害为宝。该镇的另一养猪户陈永飞四兄弟联手共建80立方米化粪池，并将猪粪实施干湿分离，干粪出售给有机肥厂，污水经化粪池沉淀过滤后达标排放。
目前，启东市第二批畜禽粪污治理工程又已全面展开，涉及养殖户超过740家。但这批养殖户普遍属于被动整治，规模偏小、效益偏低、设施简陋，或养殖户年龄偏大、思想保守、观念落后、环保意识淡薄，少有人舍得主动投资治理粪污。
其主要问题表现在四方面：一是法制和环保意识淡薄。少数养殖户擅自在自家责任田上搭建养猪棚舍，然后随意处置粪污。海复镇某村有3个养猪户常年存栏生猪均在150～200头，而与之配套的蓄粪池不足30立方米。在猪粪堆积无出路的情况下，养猪户就任由猪粪排入附近沟坑。二是设施简陋，不愿投入。最近二三年来，政府相关部门和镇村组织屡次三番上门建议养猪户建造封闭式蓄粪池、开发利用沼气、实施粪便干湿分离等环保措施，但不少小型养猪户常常以种种借口拒绝投入。三是偷排严重。部分养殖场虽然建有治污设施，但受制于人工、电费、维护及后期处理等多种因素，暗中偷排，继续污染环境。四是违法成本太低。国家现行的有关畜禽养殖的环保法规，仅确定对规模养殖的管控，对小规模养猪则缺乏监管和处置。
畜禽粪污治理是水环境综合整治中难度最大的工程，事关社会文明、村庄秀美、民众福祉。对此，启东市委市政府高度重视。
环保、农委、水务等部门加大畜禽粪污执法处置力度，对所有污染严重的养殖场依法实施限期整改。在此基础上，将畜禽粪污治理作为“农村环境整治”考核重要内容，对拒不采取整治措施的养殖场同时采取不予配发耳标、不予开具检疫证明等措施，确保粪污治理全覆盖。
启东市农委目前正采取相应措施力争在一二年内逐步关闭拆除污染较严重的小型养殖场，同时大力鼓励和支持畜禽粪综合开发利用，加快推进“三格式”化粪池、干粪堆场、沼气池建设，确保所有养殖场全部达到合格排放。另一方面则狠抓源头治理和污染整治。全市11个镇200多个村已陆续行动，开展声势浩大的养殖场周边污染沟河的整治清理。今年内，该市还将在重点养殖区域东海镇、南阳镇配套建设两个“集中处理中心”，其中东海镇集中处理中心正在进行设备安装调试，很快就可投入使用，以此促进畜禽养殖标准化、规模化和绿色环保、生态健康，使美好家园亮丽清新，风景宜人。